Balai Diklat Keagamaan merupakanperubahan dari Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan berdasarkan KMA Nomor 345 tahun 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan. KMA ini lahir dalam rangka penataan organisasi Balai DiklatKeagamaan sesuai perubahan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama yang tertuang dalam KMA Nomor 1 tahun 2001.
Dalam KMA Nomor 345 tahun 2004 dinyatakan bahwa Balai Diklat Keagamaan Jakarta adalah Unit Pelaksana Teknis Badan Litbang Agama dan Diklat Keagamaan, yang telah diubah nomenklaturnya menjadi Badan Litbang dan Diklat; berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Litbang dan Diklat.
Wilayah kerja Balai Diklat Keagamaan Jakarta adalah:
- Propinsi DKI Jakarta, meliputi: Kementerian Agama Pusat, Kanwil Kementerian Agama Provinsi DKI Jakarta, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan Balai Litbang Agama Jakarta
- Propinsi Banten, meliputi Kanwil Kementerian Agama Provinsi Banten, IAIN Sultan Maulana Hasanudin Banten, dan STABN Sriwijaya Tangerang.
- Propinsi Kalimantan Barat, meliputi Kanwil Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat dan IAIN Pontianak
Program yang dikembangkan adalah Diklat Jarak Jauh (DJJ). setiap peserta bisa mengikuti diklat melalui link website di bawah ini
- Diklat Jarak Jauh BDK Jakarta