Setiap Madrasah dan Sekolah Islam diharapkan memiliki program unggulan. Program unggulan menjadi daya tarik masyarakat memasukan atau mendaftarkan anaknya. Maka Madrasah dan Sekolah Islam perlu memikirkan dan mengembangkan program unggulanya sesuai dengan potensi yang dimiliki dan tantangan serta tuntutan masyarakat
Madrasah dan Sekolah Islam yang memiliki Program Unggulan:
Berikut daftar program unggulan berdasarkan jenis pendidikan: