Program Studi Doktor S3 di beberapa Universitas berbentuk sekolah pascasarjana atau bagian dari fakultas tertentu.
Berikut beberapa Program Studi terkait pendidikan Islam yaitu
Pascasarjana
Pascasarjana UIN Jakarta
Pascasarjana UIN Jakarta menyelenggarakan dua program yaitu Program Magister Kajian Islam dan Program Doktor Kajiana Islam. Kedua program memiliki 36 kosentrasi.
Pascasarjana UIN Sunan Gunung Djati Bandung
Pascasarjana S2-S3 UIN Sunan Gunung Djati Bandung membuka Pendaftaran Mahasiswa Baru Program Magister S2 dan Doktoral S3 dengan program reguler, program khusus